Bãi Huyền Trân là rạn san hô, nằm cách Vũng Tàu 248 hải lý[2] về phía đông nam, cách bãi Quế Đường 11 hải lý về phía đông bắc và chỉ cách bãi Phúc Tần 3,5 hải lý về phía đông nam.[3] Rạn dài 8 km theo trục bắc nam và rộng 5,5 km theo trục tây-đông. Tổng diện tích 32,61 km², trong đó vụng biển chiếm 18,02 km². Phần vành đai sâu 6-8m, nở rộng đến 0,8–1 km ở phần bắc, đông bắc, đông và đông nam. Phần vụng biển sâu hơn 10m, tối đa chỉ 20m.[3] Nơi nông nhất của bãi Huyền Trân có độ sâu 5,3m.[4]